Vertical ideogramic layout showing relationships between one reference genome Sorghum_bicolor chromosome and one target genome Oryza_sativa chromosome.
If data is available a chromosome of a second reference genome can be chosen which is shown to the left.


synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny synteny

To Do Tip: Choose a second reference genome chromosome or click on relationships to zoom in.

Target Genome Chr Start: and End: [Mbp]
Tracks:
synteny(orthologous pairs) Homology
Features:
repeat_stackbar heatmap
Reference I Genome Chr Start: and End: [Mbp]
Features:
rsci
Reference II Genome Chr
General Viewer Settings
Grid: Ruler: Lock aspect ratio:


Data sets

All the analysis is based on transcript annotation of Oryza sativa, of Sorghum bicolor and of Brachypodium distachyon, extracted from PGSB PlantsDB. Oryza sativa data in PlantsDB is based on the TIGR assembly. Transcript annotation is an unspliced sequence which considers the exons, introns and UTRs, for more detailed information please refer to Transcript description.


Methods

Analysis was perfomred using CrowsNests comparative pipeline. For more details please refer to the publication.

Orthologs and Homologs. Similarity searches were done with TBlastx and Blastn using standard parameter settings(version 2.0.12). The output was parsed and filtered for BLAST score, percentage identity and hit length which needed to be above a predefined genome specific threshold. The thresholds were manually derived by analysis across the whole data set. The matches were sorted by the percentage identity multiplied with the hit length and filtered for the best match. Orthologs were derived by calculating BBHs with the requirement of having the same order and direction of BLAST Hsps. A minimum match overlap of 50% was required with a minimum sequence simirality of %70.

Synteny. Syntenic regions, often referred to as syntenic blocks, were derived requireing a minimum of 3 consecutive BBHs allowing a certain number of gaps adjusted by the length of the block. All BBHs which belong to a syntenic block were assigend syn+ and all others were classified as syn-.

Zscore. Using a sliding window a zscore was calculated on the basis of syn+ and syn- along the whole genome.

Features. For information about genetic elements, gene families and all other please refer to the publication.